《重庆医学》已进入国内(外)自然科学期刊主要评价体系:
北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊(2008年版、2011年版、2014年版)
中国科学引文数据库(CSCD)来源期刊(2011-2014年)
中国科技核心期刊(中国科技论文统计源期刊)(1989—2017年)
武汉大学中国科学评价研究中心(RCCSE)中国权威学术期刊
中国学术期刊(光盘版)全文收录期刊
《中国核心期刊(遴选)数据库》来源期刊
《中文科技期刊数据库》全文收录
美国《化学文摘(网络版)》(CA)
美国《剑桥科学文摘(自然科学)》(CSA)
美国《乌利希期刊指南》(UPD)
英国《农业与生物科学研究中心》(CABI)
波兰《哥白尼索引》(IC)
《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》(JST)
《西太平洋地区医学索引》(WPRIM)